کما ان سماحته واصل محاضراته فی تفسیر القرآن الکریم فی مجمع التعلیم العالی للفقه فی قم، وشدد سماحته على ضرورة تبویب آیات الجهاد، قائلاً: آیات الجهاد بحاجة الى تفسیر موضوعی.
وانتقد من یشکل على الجهاد، قائلاً: هؤلاء یلحظون الآیات القرآنیة مجتزأة، بینما لو طالعوا مجموع الآیات الواردة فی الجهاد لأیقنوا أن آیات القرن الکریم حول الجهاد عبارة عن سبیل عقلانی.
ولفت سماحته الى أن آیات الجهاد تنقسم الى خمسة فئات، الأولى تحض على جهاد المشرکین، مردفاً: جهاد المشرکین هو الجهاد الابتدائی الذی أنقذ البشریة من عبادة الأوثان.
وأشار سماحته الى جهاد أهل الکتاب، مؤکداً على أن البعض یرى عدم جواز مجاهدة أتباع الدیانات السماویة، متابعاً: إن أنصار الدیانات الأخرى لا یوحدون الله تعالى، بل یؤمنون بالتثلیث والتثنیة. ویجب جهاد من یحرمون حلال الله ویحللون حرامه من هؤلاء.
وأِشار سماحته الى حکم القرآن الکریم حول مقاتلة المعتدین، مبیناً أن الشعب الفلسطینی الذی یتعرض الى هجوم من الأعداء یحق له محاربة المهاجمین، وقال: صراع الشعب الفلسطینی ضد الصهاینة دفاع عن النفس.
وأکد سماحته على أن صد حملات الأعداء من قبل کل مسلم فی لبنان وفلسطین وغیرها من وجهة نظر الاسلام جهاد فی سبیل الله، وقال مخاطباً الشعب الفلسطینی: اعلموا بأنکم لو جاهدتم فی سبیل الله ولم تحصروا قضیتکم بالبعد العربی فأن النصر حلیفکم.
وأشار سماحته الى الطائفة الرابعة التی أجاز القرآن قتالها، قائلاً: هذه الطائفة هی التی أبرمت عهداً وعقداً مع الدولة الاسلامیة، ثم نقضت عهدها، فإن نقض العهد بمثابة إعلان الحرب.
ولفت سماحته الى الطائفة الخامسة، قائلاً: لو أعلن أن جماعة من المسلمین فی زاویة من زوایا العالم تعرضت للظلم والجور من المستکبرین، وتم التعدی على حقوقها، یجب عندئذ أن یهب المسلمون لنجاة هؤلاء المستضعفین، ولیس الأمر من باب التعصب الدینی أو الطائفی.
وفی الختام، اعتبر سماحته الجهاد العلمی مقدماً على الجهاد القتالی، مؤکداً على أن من یتهم الاسلام فی قضیة الجهاد لا یولون اهتماماً للجهاد العلمی، مردفاً: إن نشر الدین الاسلامی المبین مقدم على الجهاد فی سوح القتال.